Mnenje Službe Vlade RS za zakonodajo v bistvenih točkah nasprotuje predlogu obveznih navodil, saj ugotavlja, da je v določenih delih osnutek navodil v očitnem nasprotju z Zakonom o državnem tožilstvu (ZDT) in Državnotožilskim redom (DTR), da ZDT celo spreminja in v DTR vnaša novo vsebino, kar tudi po mnenju Službe Vlade RS za zakonodajo ni možno in dopustno.

Za del navodil Služba Vlade RS za zakonodajo v svojem mnenju pove, da so v neposrednem vsebinskem nasprotju z zakonom. V delu pa je besedilo navodila »nejasno«, »nepotrebno«, »nelogično«, »očitno odvečno« in bi bila celo uporaba sedanje ureditve »manj jasna in otežena, če bi se ji dodalo še predvideno obvezno navodilo.«

V predhodnem mnenju je generalna državna tožilka RS izrecno opozorila, da osnutek navodil posega v ZDT in DTR, kar z navodilom ni mogoče, da je škodljiv za redno in učinkovito delo in da je osnutek navodil dvoumen, zapleten in nejasen. Mnenje Službe Vlade RS za zakonodajo je v tem pritrdilo Vrhovnemu državnemu tožilstvu RS in je imelo glede vseh točk osnutka navodil pomembne pripombe in pomisleke.